| 発着旅客列車本数 （2008年1月16日時点の平日ダイヤ） |
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| 行先 | 本数 |
| 六地蔵方面行 | 133本 |
| 太秦天神川方面行 | 133本 |
| 合計 | 266本 |
(写真撮影日：2004年11月28日[一部2008年２月17日に再撮影])
ＪＲ東海道線及び湖西線の山科駅に近接している駅。当然のごとく乗換駅となっています。御陵駅から分岐した京阪京津線の京阪山科駅とも近接していますが、あくまで別駅扱いなので、三条京阪方面からの運賃形態も異なります。いわば烏丸線の京都駅と近鉄の京都駅のような関係といえます。その関係から、この駅のみ京阪京津線への連絡乗車券が発売されていません。
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| １番ホーム：東西線下り（太秦天神川方面行） | ２番ホーム：東西線上り（六地蔵方面行） |
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| ＪＲ山科駅側にある１番出入口。ここから長い連絡通路で地下鉄のりばに続きます。 |
京阪山科駅上り駅舎側の２番出入口。駅前の地下道としての役割も持っています。 |
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| ラクト山科Ａ棟にある３番出入口。最も改札口に近いです。 |
ラクト山科Ｂ棟北方にある４番出入口。 |
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| ４番出入口の反対側にある５番出入口。 |
ラクト山科Ｂ棟南方にある６番出入口。 |
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| ラクト山科Ｃ棟付近にある７番出入口。 |
改札口。さすがはＪＲへの乗換駅、広々としています。 |
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| 切符売り場。この駅のみ、京阪京津線の記載が全くありません。 | 島式１面２線のホーム。多数の乗り換え客を捌けるよう、広いホームになっています（2008年２月17日撮影）。 |
（東西線上下別到着チャイム）「間もなく、１（２）番のりばに、太秦天神川（六地蔵）行が６両で参ります」
（到着時）「只今、１（２）番のりばに到着の電車は、太秦天神川（六地蔵）行でございます」
（到着後）「毎度ご乗車ありがとうございます。ＪＲ線ご利用の方は、改札を出て、連絡通路をご利用下さい」（東西線発車メロディ）
※アナウンスは下りが女声、上りが男声となっている。発車メロディは１番線が「醍醐寺の鶯」、２番線が「古都の朝靄」。
